Vấn đề cấp hộ chiếu mới cho công dân nước này Cộng đồng Đông Phi đã tạm thời bị đình chỉ để cho phép các tính năng tiên tiến mới được đưa vào phiên bản tiếp theo. Hiện tại, hộ chiếu không thể đọc được bằng máy cũng như không mang dữ liệu sinh trắc học trong chip máy tính được lắp vào và để chúng được chấp nhận rộng rãi hơn, những bổ sung mới này trước tiên phải được sắp xếp.
Hộ chiếu rất phổ biến ở Uganda và Kenya, nơi du khách chỉ cần đóng dấu hộ chiếu sáu tháng một lần nếu di chuyển qua biên giới quốc gia đến một trong các quốc gia thành viên EAC, nhưng cũng có cáo buộc rằng các quan chức nhập cư ở biên giới đất liền và sân bay chỉ phớt lờ những quy định này và tiếp tục đóng dấu chúng như hộ chiếu quốc gia. Burundi và Rwanda sau khi gia nhập EAC năm ngoái vẫn chưa thực hiện việc cấp các giấy tờ thông hành này.
Hộ chiếu EAC cũng không được chấp nhận phổ biến ngoài khu vực, có nhiều khách du lịch thường xuyên mang cả hộ chiếu quốc gia và EAC, một tình huống mà ban thư ký Cộng đồng Đông Phi ở Arusha cũng hứa sẽ giải quyết kịp thời để bắt đầu cấp hộ chiếu EAC thế hệ tiếp theo . Trong khi đó, công dân của 5 quốc gia thành viên sẽ sử dụng hộ chiếu quốc gia của mình để đi lại trong khu vực.
