Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh Hoa Kỳ, CDC, đã thành lập một hiệp hội để khởi động mạng lưới các phòng thí nghiệm trình tự quốc gia nhằm đẩy nhanh việc phát hành dữ liệu trình tự SARS-CoV-2 vào phạm vi công cộng. Việc phát hành nhanh chóng dữ liệu trình tự coronavirus mở sẽ giúp hướng dẫn Covid-19 đáp ứng sức khỏe cộng đồng, thúc đẩy đổi mới và khám phá, cũng như hiểu biết trước về điều này và các đại dịch trong tương lai.
T Trình tự SARS-CoV-2 cho Ứng phó khẩn cấp, Dịch tễ học và Giám sát Y tế Công cộng (SPHERES) hiệp hội, sẽ mở rộng đáng kể việc sử dụng toàn bộ trình tự bộ gen (WGS) của vi rút COVID-19. SPHERES sẽ cung cấp dữ liệu trình tự thời gian thực, nhất quán cho các nhóm phản ứng y tế công cộng đang điều tra các trường hợp và cụm COVID-19 trên toàn quốc.
Tổ hợp mới này sẽ giúp họ hiểu rõ hơn về cách thức lây lan của virus, cả trên phạm vi quốc gia và trong cộng đồng địa phương của họ. Dữ liệu tốt hơn, đến lượt nó, sẽ giúp các quan chức y tế công cộng ngăn chặn các chuỗi lây truyền, ngăn ngừa các ca bệnh mới, bảo vệ và cứu sống.
“Mỹ là nước dẫn đầu thế giới về giải trình tự bộ gen nhanh tiên tiến. Nỗ lực phối hợp này giữa các phòng thí nghiệm y tế công cộng, tư nhân, lâm sàng và học thuật của chúng tôi sẽ đóng một vai trò quan trọng trong việc tìm hiểu sự lây truyền, tiến hóa và điều trị SARS-CoV-2. Tôi tin tưởng rằng những bộ óc tốt nhất, có kỹ năng nhất của chúng ta đang làm việc cùng nhau để giúp chúng ta cứu sống hôm nay và mai sau, ”Giám đốc CDC Robert Redfield, MD nói
Theo dõi vi rút COVID-19 khi nó phát triển
Dữ liệu trình tự gen có thể cung cấp cái nhìn sâu sắc chưa từng có về sinh học của SARS-CoV-2, loại vi rút gây ra COVID-19, và giúp xác định bối cảnh thay đổi của đại dịch. Bằng cách xác định trình tự vi-rút từ khắp Hoa Kỳ, CDC và các cơ quan y tế công cộng khác có thể theo dõi những thay đổi quan trọng của vi-rút và sử dụng thông tin này để hướng dẫn truy tìm tiếp xúc, nỗ lực giảm thiểu sức khỏe cộng đồng và các chiến lược kiểm soát nhiễm trùng.
Tập đoàn SPHERES là một nỗ lực đầy tham vọng nhằm điều phối trình tự bộ gen SARS-CoV-2 trên toàn quốc, tổ chức hàng chục nỗ lực nhỏ hơn, riêng lẻ thành một mạng lưới phân tán, duy nhất gồm các phòng thí nghiệm, tổ chức và tập đoàn. Tập đoàn kết hợp chuyên môn, công nghệ và nguồn lực của 40 sở y tế công cộng của tiểu bang và địa phương, một số phòng thí nghiệm lâm sàng lớn và hơn hai chục tổ chức hợp tác trên khắp chính phủ liên bang, học viện và khu vực tư nhân.
SPHERES sẽ thiết lập các phương pháp hay nhất và tiêu chuẩn dữ liệu đồng thuận, tăng tốc chia sẻ dữ liệu mở và thiết lập một nhóm tài nguyên và chuyên môn để giúp đưa công nghệ tiên tiến vào phản ứng COVID-19 quốc gia.
Dữ liệu SPHERES được mở, được chia sẻ
Các thành viên của hiệp hội chia sẻ cam kết chia sẻ chuỗi mở nhanh chóng. Họ có kế hoạch gửi tất cả dữ liệu trình tự hữu ích vào các kho lưu trữ công khai tại Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia của Thư viện Y khoa Quốc gia (NLM / NCBI), Sáng kiến Toàn cầu về Chia sẻ Dữ liệu Cúm Gia cầm (GISAID) và các kho lưu trữ trình tự công khai khác. Điều này sẽ giúp đảm bảo rằng dữ liệu trình tự virus từ khắp Hoa Kỳ có sẵn nhanh chóng để đưa ra quyết định về sức khỏe cộng đồng và có thể truy cập miễn phí cho các nhà nghiên cứu ở khắp mọi nơi.
Các thành viên liên danh bao gồm:
Các cơ quan liên bang và phòng thí nghiệm
Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh, Văn phòng Phát hiện Phân tử Nâng cao
Argonne National Laboratory
Cơ quan Y tế Quốc phòng, Truyền nhiễm toàn cầu Bệnh Giám sát
Thực phẩm và Cục Quản lý dược
Phòng thí nghiệm quốc gia Lawrence Berkeley
Phòng thí nghiệm quốc gia Los Alamos
Viện Quốc gia về Dị ứng và Bệnh truyền nhiễm, Văn phòng Genomics và Công nghệ tiên tiến
Viện Tiêu chuẩn và Công nghệ
Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia của Thư viện Y học Quốc gia
Viện Nghiên cứu Quân đội Walter Reed
Phòng thí nghiệm y tế công cộng của tiểu bang / địa phương
Arizona
California
Delaware
District of Columbia
Florida
Hawaii
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
North Carolina
North Dakota
Nevada
New Mexico
Newyork
Utah
Virginia
Washington
Wisconsin
Wyoming
Tổ chức học tập
Đại học Baylor
Đại học Cornell
Trung tâm nghiên cứu ung thư Fred Hutchinson
Trường Y Mount Sinai
Đại học New York
Đại học Northern Arizona
Đại học Buffalo
Đại học California, Berkeley
Đại học California, Davis
Đại học California, Irvine
Đại học California, Los Angeles
Đại học California, San Francisco
Đại học California, Santa Cruz
Đại học Chicago
Đại học Maryland
Đại học Minnesota
Đại học Nebraska
Đại học New Mexico
Đại học Washington
đại học Yale
Tổng công ty
Chẩn đoán Abbott
bioMieux
Genomics màu
Gingko Biowork
IDbyDNA
Trong-Q-Tel
LabCorp
Một Codex
Công nghệ Nanopore của Oxford
Khoa học sinh học Thái Bình Dương
Qiagen
Chẩn đoán Quest
Khoa học đời sống thực sự
Tên của các tập đoàn chỉ được cung cấp cho mục đích thông tin và việc đưa chúng vào đây không cấu thành sự chứng thực của các tập đoàn hoặc bất kỳ sản phẩm hoặc dịch vụ thương mại nào của họ bởi Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh Hoa Kỳ.
Các viện nghiên cứu hoặc y tế công cộng phi lợi nhuận
Hiệp hội các phòng thí nghiệm sức khỏe cộng đồng
Bill và Melinda Gates Foundation
Viện rộng
Trung tâm sinh học Chan Zuckerberg
Viện Craig Venter
Liên minh Y tế Công cộng về Dịch tễ học Bộ gen
Nghiên cứu Scripps
Phòng thí nghiệm Jackson
Viện Nghiên cứu Genomics Translational - North
Quỹ Walder
Trong sáu năm qua, chương trình Phát hiện Phân tử Nâng cao của Văn phòng CDC đã đầu tư vào các phòng thí nghiệm y tế công cộng của liên bang và tiểu bang để mở rộng việc sử dụng gen của mầm bệnh và các công nghệ phòng thí nghiệm tiên tiến khác để giám sát bệnh truyền nhiễm và ứng phó với ổ dịch. Khoản đầu tư hiện tại của tập đoàn nhằm mục đích cứu sống những người trong đại dịch SARS-CoV-2 và chuẩn bị cho Hoa Kỳ và thế giới đối phó với đại dịch trong tương lai.
Để tìm hiểu thêm về giải trình tự bộ gen hoặc công việc của CDC trong phát hiện phân tử nâng cao, hãy truy cập https://www.cdc.gov/amd/
ĐIỀU NÊN rút ra từ bài viết này:
- Names of corporations are provided for information purposes only, and their inclusion here does not constitute an endorsement of the corporations or any of their commercial products or services by the U.
- The US Centers for Disease Control and Prevention, CDC, launched a consortium to kick off a national network of sequencing laboratories which will speed the release of SARS-CoV-2 sequence data into the public domain.
- SPHERES sẽ thiết lập các phương pháp hay nhất và tiêu chuẩn dữ liệu đồng thuận, tăng tốc chia sẻ dữ liệu mở và thiết lập một nhóm tài nguyên và chuyên môn để giúp đưa công nghệ tiên tiến vào phản ứng COVID-19 quốc gia.
